Added downloadable example HPC scripts.

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Craig Warren
2016-08-09 11:02:53 +01:00
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#!/bin/bash
#####################################################################################
### Specify bash shell:
#$ -S /bin/bash
### Change to current working directory:
#$ -cwd
### Specify runtime (hh:mm:ss):
#$ -l h_rt=01:00:00
### Email options:
#$ -m ea -M joe.bloggs@email.com
### Parallel environment ($NSLOTS):
#$ -pe OpenMP 8
### Job script name:
#$ -N test_openmp.sh
#####################################################################################
### Initialise environment module
. /etc/profile.d/modules.sh
### Load Anaconda environment for gprMax, i.e. Python 3 and required packages
module load anaconda
source activate gprMax
### Set number of OpenMP threads
export OMP_NUM_THREADS=$NSLOTS
### Run gprMax with input file
cd $HOME/gprMax
python -m gprMax mymodel.in -n 100

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@@ -0,0 +1,37 @@
#!/bin/bash
#####################################################################################
### Specify bash shell:
#$ -S /bin/bash
### Change to current working directory:
#$ -cwd
### Specify runtime (hh:mm:ss):
#$ -l h_rt=01:00:00
### Email options:
#$ -m ea -M joe.bloggs@email.com
### Parallel environment ($NSLOTS):
#$ -pe openmpi_fillup_mark2 800
### Job script name:
#$ -N test_mpi.sh
#####################################################################################
### Initialise environment module
. /etc/profile.d/modules.sh
### Load Anaconda environment for gprMax, i.e. Python 3 and required packages
module load anaconda
source activate gprMax
### Load OpenMPI
module load openmpi-gcc
### Set number of OpenMP threads
export OMP_NUM_THREADS=8
### Run gprMax with input file
cd $HOME/gprMax
mpirun -np $NSLOTS python -m gprMax mymodel.in -n 100 -mpi